Dla ścisłości odczytujesz flash, nie eeprom.
Algorytm odczytu powoduje czasem przerwę w komunikacji innych sterowników z ECU i po zakończeniu odczytu rzeczywiście czasem zgłaszają one błąd. Jednak zawsze jest on typu sporadyczny i zawsze daje się skasować.
Natomiast nigdy nie słyszałem o zmianie WSC.