Żadnych stuków i zgrzytów nigdy w swojej TT nie słyszałem więc nie jest to naturalne. Odnośnie toczenia się i dodania gazu w trybie D to wszystko zależy ile dodasz gazu. Tryb D nie trzyma wysokich obrotów i jeśli dodasz ciut więcej gazu efekt będzie taki: sekundowa pauza (w tym czasie podnoszą się obroty) i wyrwanie do przodu. Jak zaczniesz dodawać gaz powoli to auto powinno zacząć przyspieszać powoli. Z tego co wiem, komputer uczy się też stylu kierowcy i nie wiem czy czasem też nie reaguje inaczej "ostrzej" jeśli dłużej będziesz jeździł często dając ostro gaz. Tak czy inaczej ja u siebie opisanych przez ciebie objawów nigdy nie miałem.

Edit: teraz spojrzałem, że ty masz MK1 z DSG (starszej generacji) więc zachowanie skrzyni może być ciut inne niż w MK2.